El Departamento de Física fue creado en diciembre de 1982 y en un principio fue concebido como soporte académico de la carrera de Física que recibió sus primeros estudiantes en octubre de 1980. Actualmente el Departamento de Física cuenta con 18 profesores titulares y se proyecta como un departamento de investigación básica y aplicada en Física.

El Departamento de Biología fue creado en el año 2018, sin embargo, la investigación en el área se remonta de manera continua al año 1945 con la creación del Instituto de Biología. Los objetivos del departamento son la investigación de los ecosistemas y sus organismos, que aprovechando los recursos cuantitativos de otras ciencias, busca expandir su alcance a campos como la filogenética, bioinformática y modelización ecológica. El estudio de la diversidad de los organismos, su distribución geográfica e interacciones con el medio ambiente contribuye a diagnosticar la salud de los ecosistemas y las posibilidades de supervivencia de las especies; además que, permite planificar de mejor manera su conservación y mitigar los efectos adversos que la amenazan.

El departamento preserva una importante colección de ejemplares en ictiología, herpetología, entomología, mastozoología, y ornitología provenientes de todas las regiones del país, los cuales son accesibles a investigadores nacionales y extranjeros. El departamento también mantiene la colección de Paleontología más importante del Ecuador, en la cual se encuentran piezas colectadas por Alexander von Humboldt, Teodoro Wolf, Walther Sauer, Franz Spillmann y Robert Hoffstetter, en varias localidades del país.